主要职责：昆山海关负责昆山地区企业注册登记备案，企业信用管理，原产地证书预审、签发，加工贸易和保税监管，减免税管理，海关特殊监管区域管理，昆山口岸进出境货物、运输工具监管及进出境人员行李物品验放，征收关税和其他税费，进出口货物的属地检验、检疫工作，企业主动披露，海关稽、核查后续监管业务，查缉走私，编制海关统计等海关业务。

内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、法规科、综合业务科、监管科、查检一科、查检二科、稽查一科、稽查二科、核查一科、核查二科、关税科、统计分析科、企业管理一科、企业管理二科、保税监管一科、保税监管二科、审核科、特殊区域管理科。