一、主要职责

南通海关是受南京海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关，领导隶属海关办事处。南通海关管辖范围为南通市区、海门市、海安市的各项海关管理工作；承担南通地区减免税管理、口岸核心能力动态管理、应急处置突发公共卫生事件、特殊物品监督管理和出入境人员传染病监测工作；统筹南通地区的企业认证、统计及执法评估工作。主要职责是：负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成南京海关交办的其他工作。

二、机构设置

（一）内设24个科级机构：

办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务科、技术科、法规科、综合业务一科、综合业务二科、监管科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、关税科、统计分析科、物流管理科、运输工具监管科、跨境电商监管科、机场监管科、特殊区域管理一科、特殊区域管理二科、稽查科、企业管理科、保税监管科、督察内审科。

（二）下设2个副处级机构（6个科级机构）：

驻海门办事处下设3个科级机构：综合业务科、监管科、企业管理科；

驻海安办事处下设3个科级机构：综合业务科、监管科、企业管理科。