上海车站海关，机构级别为正处级，承担上海市静安区、普陀区、上海陆运口岸及相关海关监管场所的各项海关业务。

机构设置：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合业务一科、综合业务二科、物流监控一科、物流监控二科、旅检科、静安监管科、普陀监管科。