上海浦东海关，机构级别为副厅局级，承担上海市浦东新区（上海浦东国际机场海关、上海外高桥港区海关、洋山海关、上海外高桥保税区海关、上海钻石交易所海关、上海科创中心海关管辖区域除外）的各项海关业务。

机构设置：正处级内设机构5个：办公室（党委办公室）、人事政工处（党委组织宣传部）、综合业务一处、综合业务二处、物控查检处；正处级办事处1个：驻金桥办事处。科级机构46个：文秘科、督办科、行财科、人事科、政工科、群团科、业务监控科、减免税科、保税监管一科、保税监管二科、保税监管三科、业务监控科、船舶监管科、办公室、督审科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、综合业务四科、综合业务五科、原产地管理科、物流监控一科、物流监控二科、物流监控三科、物流监控四科、物流监控五科、物流监控六科、物流监控七科、查检一科、查检二科、查检三科、查检四科、查检五科、查检六科、查检七科、查检八科、查检九科、企业管理一科、企业管理二科、稽查一科、稽查二科、稽查三科、稽查四科、法制科、技术科、单证档案管理科。