沈抚新区海关定位为属地型海关。主要承担沈抚改革创新示范区内的进出口通关、属地监管、检验检疫、税收征管、业务统计及辖区内企业管理、加工贸易及保税监管、后续监管等属地管理职责，以及沈北新区进出口企业的属地查检工作。

机构设置

沈抚新区海关内设科室4个：

（一）办公室（党委组织宣传部）

（二）综合业务科

（三）稽核科

（四）查检科