阿日哈沙特海关负责阿日哈沙特口岸的海关监管、检疫等工作（目前暂不含稽核查等后续监管工作）。阿日哈沙特海关作为隶属海关单位受满洲里海关直接领导，行政级别正处级。

机构设置：内设机构：办公室（党委办公室）、综合业务科、监管一科、监管二科。

一、办公室（党委办公室）主要职责

（一）协助本关领导贯彻落实总署和总关的决策、指示，协调推进关务会决策部署、关领导批示等的贯彻落实，负责本关督办工作。协助党委领导处理日常工作，贯彻执行关党委的指示、决定，负责党委的督办工作。

（二）协助本关领导处理日常事务，建立和维护本关日常工作秩序和内外联系。负责组织实施本关政务公开工作。

（三）承担关务会、关务办公会的组织、记录及纪要整理工作。负责筹备、组织党委各种会议。

（四）承担本关综合性公文的撰写、关发文稿的核改、文件资料的收发、运转和印制等工作，承担本关行政印章管理。

（五）拟订本关应急管理办法并组织实施，承担本关应急工作。

（六）承担本关各类信息载体的编报工作。

（七）承担本级信访工作、外事工作。

（八）承担本关后勤保障与维修等其它综合性工作。

（九）承担密件的管理和开展安全保密检查工作。

（十）承办上级交办的其他工作事项。

二、综合业务科主要职责

（一）承担现场通关单证审核。

（二）承担审核进出口货物价格、归类、原产地，征缴税款。

（三）承担编制业务统计数据，开展业务统计分析。

（四）承担办理“一个窗口”业务工作等。

（五）承担本关内固定资产管理。

（六）承办上级交办的其他工作事项。

三、监管一科主要职责

（一）承担阿日哈沙特口岸进出境货物、运输工具、人员及其行李物品的监管及检验检疫工作。

（二）承担对进出境运输工具登记备案管理。

（三）承担查缉走私违规案件，对涉嫌走私违规案件线索移交缉私局。

（四）承担免税店监管工作。

（五）承担辖区范围内的公共卫生监督。

（六）承担联系口岸相关部门和单位，做好口岸各项海关工作的协调配合工作。

（七）承办上级交办的其他工作。

四、监管二科主要职责

（一）承担阿日哈沙特口岸进出境货物、运输工具、人员及其行李物品的监管及检验检疫工作。

（二）承担对进出境运输工具登记备案管理。

（三）承担查缉走私违规案件，对涉嫌走私违规案件线索移交缉私局。

（四）承担免税店监管工作。

（五）监督辖区范围内的公共卫生。

（六）联系口岸相关部门和单位，做好口岸各项海关工作的协调配合工作。

（七）承办上级交办的其他工作。