内设科级机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务装备科、综合业务一科、综合业务二科、运行监控科、统计科、法规科、验估科、指令细化科、查验一科、查验二科、查验三科、物流监控科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、公务机监管科、值机科、旅检综合科、快件一科、快件二科、快件三科、跨境电商监管科、卫生监督科。