萧山机场海关主要负责对区内的进出境货物、物品、运输工具的监管，开展动植物检疫及商品检验监管、征收关税和其它税费、编制海关统计、卫生检疫、口岸卫生监督管理、查缉走私和其它海关业务的办理。

单位概况：杭州萧山机场海关（以下简称“萧山机场海关”）前身是杭州海关驻机场办事处，旅检业务是杭州海关1979年成立时最早开展的工作。2004年9月16日，国务院批复设立萧山机场海关（正处级），2005年1月5日开关，2018年1月根据国务院和海关总署的部署，启动机构改革，原浙江省检疫检疫局驻机场办事处转隶至海关，组成新的杭州萧山机场海关。

机构设置：内设科室21个：办公室、法规科、审单组、监管一组、监管二组、监管三组、监管四组、物流监控组、口岸监督科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、旅检五科、中转科、值机科、统计督察科、保税监管科、财务科、科技科、人政科。