南阳市疾病预防控制中心是全供事业单位，设置办公、人事保卫等公共科室4个，业务科室9个，具体包括：公卫监测科、传染病科、寄生虫病科、免疫规划科、性艾防治科、地方病科、职业病防治科、卫生检测检验中心和健教与慢性病防治所。单位现有建筑总面积8600平方米，中心现有编制119人，在职人员153人，经费实行全额预算管理。中心在职人员中，专业技术人员99人（正高6人，副高18人，中级43人），占职工总数的67％；硕士11人，本科64人，占职工总数51％。

南阳市疾控中心肩负着全市1050多万人口的疾病预防控制工作，特别是作为国家“南水北调”中线工程的水源地，是河南省水质监测工作的重点地区。承担着国家、省食品污染及有害因素监测、食源性疾病监测等检测任务，是河南省食品安全风险监测网络重点实验室。病源实验室承担着全市各种常规、突发、新发传染病检测。目前中心实验室建筑总面积2610平方米，包括理化实验室870平方米，微生物与流病实验室1740平方米，占单位建设总面积30.4%；中心现有万级洁净实验室2个，共40平方米，二级生物安全实验室(BSL-2) 5个，共240平方米，PCR实验室(4个分区)1套共80平方米。