国家税务总局深圳市税务局第三税务分局的主要职责是：

负责全市（不含前海深港现代服务业合作区）金融企业各项税费的征收管理（上述金融企业原地税业务自2018年9月1日起由国家税务总局深圳市税务局第三税务分局负责征收管理）；负责南海东部海域从事为勘探、开发石油（天然气）提供服务的承包商以及设在深圳的中、外石油公司或机构各项税费的征收管理。