1.贯彻和执行国家水上交通安全、航海保障、船舶和水上设施检验、环境保护、海洋管理等方面的法律、法规和规章。
2.按照授权，负责辖区内船舶登记工作；负责规定范围内船舶法定配备的操作性手册与文书审核签发工作；负责受理外国籍船舶（包括港澳地区船舶）进入本辖区未开放水域或港口的申请工作，并上报上级海事机构。
3.按照授权，负责辖区内船员和海上设施工作人员适任资格、培训、考试和发证管理工作、船员服务簿发放及管理、船员专业与特殊培训管理及考试发证工作。
4.负责组织辖区内船舶防台、水上搜寻救助工作；按照管理权限，负责辖区水上交通事故、船舶污染事故、水上交通违章案件的调查处理工作。
5.按照授权，负责实施辖区内“港口国”管理、船舶安全检查、国际航行船舶进出口岸查验、国内航行船舶进出港签证、强制引航监督、船舶载运危险货物及其他货物的安全监督、靠泊安全监督、防治船舶污染水域监督等工作。
6.负责辖区内通航环境管理与通航秩序维护工作；按照授权，负责辖区水上水下施工安全技术状况审核、锚地和重要水域划定、港区岸线使用审核、航行警（通）告发布等工作。
7.按照管理权限，负责本局机关和所属派出机构的海事业务、法制、财务、资产、规费征收、基本建设、干部人事、劳动工资、计划装备、科技教育、党群和精神文明建设等工作。

8.承办长江海事局交办的其他事项。

内设机构：

办公室、法规规范处、综合计划处、财务会计处、人事教育处、指挥中心(搜救中心办公室)、通航管理处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、基建装备处、规费征稽处、科技信息处、审计处、党组工作部（组织处）、宣传处、纪检监察处、直属机关党委办公室（工会办公室）

处室办事机构：

政务中心、船舶交通管理中心、海巡执法支队

派出机构：

重庆江津海事处、重庆朝天门海事处、重庆涪陵海事处、重庆万州海事处、重庆丰都海事处、重庆奉节海事处、重庆巫山海事处、重庆永川海事处、重庆巴南海事处、重庆长寿海事处、重庆忠县海事处、重庆石柱海事处（石柱海巡执法大队）、重庆云阳海事处。