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内设机构:办公室(党委办公室)(正处级)、综合业务处(正处级)、查检处(正处级)、稽查处(正处级)、物流监控处(正处级)、人事政工处(党委组织宣传部)(正处级)
下设机构:喀什海关驻机场办事处(正处级)
工作职责:承担辖区内进出口商品、运输工具、邮件及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作;承担喀什海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化等工作。根据总关党委授权,承担喀什区域内干部交流、财务管理、综合保障等工作;承办南疆四地州和巴音郭楞蒙古自治州企业管理和稽核查工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。