根据上述职责，福州市市场监督管理局设28个内设机构：
（一）办公室。综合协调机关和直属单位工作，负责机关日常运转，负责局机关有关政务规章制度建设；承担政务公开、政务信息、效能、督查、保密、机要、档案、信访、会务、接待、政务值班和内部安全等工作；负责局机关的日常采购和固定资产管理；拟订市场监督管理规划并组织实施；牵头组织综合性工作调研；承担综合性文稿、文电的起草工作；牵头办理人大建议和政协提案的答复和绩效管理工作。
（二）应急管理与宣传处。负责制定市场监督管理突发事件应急管理有关规定；负责市场监督管理应急管理、安全生产和协调、联络工作；组织协调市场监督管理应急预案的编制、评审和演练工作；组织协调重大事故的应急处置和调查处理工作；拟订市场监督管理信息公布制度，承担新闻宣传、新闻发布管理工作；组织市场监督管理舆情监测、分析和协调处置工作；协调组织重大宣传活动；负责本局职责范围内的消防安全监管和综治平安建设工作；牵头组织科普宣传工作。
（三）政策法规处。组织开展相关政策研究。承担市场监督管理立法规划相关工作，承担或组织市场监督管理有关地方性法规、市政府规章草案的起草、协调或审核工作，负责机关规范性文件合法性审查工作；负责行政处罚案件听证工作；组织、协调、指导实施行政执法监督工作；承担或参与有关行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；组织开展有关法治宣传教育工作；承担行政执法证件管理工作。
（四）执法稽查处。拟订市场监管综合执法稽查办案的制度措施并组织实施；组织查处市场主体准入，生产、经营、交易中的有关违法行为；承担组织查办、督查督办有全市性影响和跨县区的大案要案工作，协调落实跨部门联合执法工作；指导全市市场监督管理综合执法工作和执法队伍建设；负责全市执法办案管理系统和案件线索管理系统的管理工作；组织指导行政处罚信息公示工作；承担市打击侵犯知识产权和制售假冒伪劣商品工作领导小组办公室日常工作；牵头负责本局职责范围内文明城市（卫生城市）创建的相关工作。
（五）登记注册与行政审批处（加挂“市场监督管理系统两新组织党建办公室”牌子）；组织制定并实施本部门行政审批和公共服务事项工作制度；拟订市场主体统一登记注册和营业执照核发的具体措施、办法，并负责组织指导实施；承担登记注册信息的分析公开工作；扶持个体私营经济发展，承担建立完善小微企业名录工作；配合党委组织部门开展小微企业、个体工商户、专业市场党建工作，并指导各县（区）市场监管部门配合属地党委组织部门落实相关党建工作；参与实施执业药师资格准入制度；承担本局优化营商环境自贸区建设领导小组办公室日常工作。
（六）信用监管处。拟订信用监督管理的具体措施、办法；组织指导对市场主体登记注册行为的监督检查工作；组织指导信用分类管理工作；组织协调国家企业信用信息公示系统（福建）的信息归集和应用；组织指导实施企业经营异常名录和严重违法失信企业名单管理工作；承担市场主体信用信息的公示与归集共享，以及联合惩戒的协调联系工作；依法组织查处已取得许可或无需取得许可的无照经营行为。
（七）反不正当竞争处。拟订本行政区域内反不正当竞争、规范直销、禁止传销的具体措施和办法；指导我市企业在国外的反垄断应诉工作；组织实施公平竞争审查制度，监督公平竞争审查落实情况；组织指导本系统反不正当竞争执法工作。承担监督管理直销企业、直销员及其直销活动和打击传销工作。
（八）网络交易监管处。拟订实施网络商品交易及有关服务监督管理的具体措施和办法；依法组织查处相关违法行为；组织指导协调网络市场监督管理工作；组织指导网络交易平台和网络经营主体规范管理工作；组织指导实施网络市场监测工作；组织指导商品交易市场监管工作；组织拍卖行为的规范管理工作；实施专业市场规范管理工作；组织实施合同行政监督管理，依法组织查处合同行政违法行为；组织开展合同示范文本制订推行、企业合同履约信用记录公示活动等工作；组织指导动产抵押登记工作；牵头负责同城快送行业监管相关工作。
（九）广告监管处。拟订并组织实施广告业发展政策、规划；指导广告审查机构和广告行业组织工作；拟订实施广告监督管理的制度措施；组织指导监督管理广告活动；指导监测各类媒介广告发布情况；依法组织查处虚假广告等违法行为；承担整治虚假违法广告联席会议联络办公室、福建海西国家广告产业园区（福州园）联席会议办公室日常工作。
（十）知识产权处。拟定并组织实施知识产权保护和创造运用的地方性法规、规章、政策，推进知识产权保护体系、信息公共服务体系和平台建设；负责处理专利侵权纠纷等行政裁决；负责专利纠纷调处、假冒专利行为查处和维权援助等工作；负责地理标志产品保护相关工作；指导知识产权中介服务体系建设，监管知识产权代理服务业，推动知识产权社会信用体系建设；统筹协调涉外及港澳台知识产权事宜，指导知识产权海外维权援助工作；依法监督管理商标使用、代理、印制等行为；组织开展商标专用权保护工作；依法组织查处商标违法案件；负责省、国家专利奖的推荐、驰名商标推荐和认定后保护工作。
（十一）消费者权益保护处。拟订保护消费者权益的具体措施、办法；负责指导消费环境建设；依法组织查处侵害消费者合法权益行为；负责流通领域（含网络交易）商品（含食品相关产品）质量监督管理工作；负责消费领域诚信体系建设；指导相关消费维权体系建设等工作；负责牵头本局职责范围内综合性展会监管工作，
（十二）质量发展处。拟订推进质量强市战略的政策措施并组织实施；组织实施政府质量奖励制度；负责推进品牌建设；承担相关缺陷产品召回工作；承办重大工程设备质量监理有关事项和产品防伪的监督管理工作；开展服务质量监督监测；承担市质量强市工作联席会议办公室日常工作。
（十三）产品质量安全监管处。对全市产品质量实施监督；依法组织查处相关违法行为；承担对产品质量监督抽查、风险监控和分类监督管理工作；承担工业产品生产许可证获证企业产品质量监督；承担食品相关产品生产许可获证企业产品质量监督，组织实施食品相关产品生产企业市级产品质量的监督抽查和风险监测；按规定权限组织调查处理相关产品质量安全事件；承担棉花等纤维质量监督工作。
（十四）食品安全协调处。组织实施推进食品安全战略的重大政策措施，拟订食品安全中长期规划和年度计划并组织落实；负责食品安全工作协调，统筹协调跨地区跨部门食品安全监管中的重大问题；组织开展食品安全重大专项和考核评议工作；承担市食品安全委员会的日常工作。
（十五）食品生产安全监管处。承担食品生产安全监督管理工作，依法组织查处相关违法行为；负责拟订食品生产监督管理和食品生产者落实主体责任制度措施并指导实施；组织实施食品生产质量安全监督检查；指导食品生产企业建立健全食品安全可追溯体系；承担食盐生产环节的监督管理工作。
（十六）食品流通安全监管处。承担食品流通质量安全监督管理工作，依法组织查处相关违法行为；负责拟订食品流通、市场销售食用农产品管理办法并监督实施；组织实施流通环节食品安全监督检查；指导食品流通环节建立健全食品安全可追溯体系；承担食盐经营环节的监督管理工作。
（十七）餐饮服务食品安全监管处。承担餐饮服务食品安全监督管理工作；依法组织查处相关违法行为；负责拟订餐饮服务食品安全监督管理办法并监督实施；组织实施餐饮服务食品安全监督检查；指导餐饮服务环节建立健全食品安全可追溯体系；承担重大活动餐饮服务食品安全监督和指导工作。
（十八）特殊食品监管处。承担保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方奶粉等特殊食品安全监督管理工作，依法组织查处相关违法行为；指导特殊食品企业建立健全食品安全可追溯体系；组织实施特殊食品安全监督检查；承担特殊食品生产许可获证企业产品质量监督。
（十九）食品药品安全抽检监测处。制定全市食品安全监督抽检计划并组织实施，定期公布相关信息；组织实施不合格食品核查、处置、召回；组织开展食品安全评价性抽检、风险预警和风险交流；参与拟订食品安全风险监测计划，承担风险监测工作，组织排查风险隐患；推动药品、医疗器械、化妆品检验检测体系建设；组织药品、医疗器械、化妆品质量抽检，定期发布质量公告；牵头组织本级抽检发现的不合格食品、药品的专家评审及定性工作。
（二十）药品化妆品流通监管处。负责本局职责范围内药品、化妆品流通监管工作，依法组织查处相关违法行为；承担药品零售连锁门店（不含单体药店）、市级以上（含市管民营医疗机构）医疗机构药品质量监管工作；组织实施药品零售经营质量管理规范工作；配合药品、化妆品不良反应监测评价和处置工作；配合执行药品零售发展规划工作；参与医药卫生体制改革相关工作。
（二十一）医疗器械监管处。负责本局职责范围内医疗器械经营使用质量安全监督管理工作；依法组织查处相关违法行为；组织实施医疗器械经营企业和使用单位医疗器械监督管理；监督实施医疗器械上市后风险管理；监督实施医疗器械标准和产品分类管理；配合医疗器械经营许可备案和第一类医疗器械产品（含生产）备案；配合开展医疗器械不良事件监测评价和处置工作。
（二十二）特种设备安全监察处。按照特种设备目录实施安全监督管理，组织落实特种设备安全技术规范；依法组织查处相关违法行为；监督检查特种设备的生产、经营、使用和检验检测，以及高耗能特种设备节能标准、锅炉环境保护标准的执行情况；按规定权限组织调查处理特种设备事故并进行统进分析，指导全市特种设备事故应急处置与救援体系建设；监督管理特种设备检验检测人员、作业人员。
（二十三）计量处。监督检查计量法律、法规的实施情况；依法组织查处相关违法行为；推行国家法定计量单位；依法管理计量标准和计量器具，组织量值传递和计量对比工作；承担商品量、市场计量行为、计量仲裁检定和计量技术机构及人员监督管理工作。
（二十四）标准化处。承担市级地方标准管理的相关工作；指导协调部门、地区的标准化工作；协调指导企业标准制定工作；协助管理专业标准化技术组织的有关工作；指导开展标准化试点示范工作；培育发展技术先进的团体标准；组织开展与国际先进标准对标达标和采用国际标准产品标志工作。
（二十五）认证与检验检测监管处。监督管理全市认证工作；协助查处相关违法行为；配合省局做好检验检测资源整合工作；组织开展全市省级资质认定获证检验检测机构证后监督管理工作；组织开展全市对认证活动实施监督管理。
（二十六）科技与信息化处。拟订实施本系统相关科技发展规划和技术机构建设规划；编制并组织实施科技项目；承担相关科研攻关、技术引进、成果应用的管理工作；研究提出市场监督管理信息化建设规划；指导、协调大数据应用和统计工作；指导、协调信息化安全工作；负责市场监督管理信息资源整合和综合管理；组织实施市场监督管理信息化建设；负责本局信息化网络系统的运维工作；指导、协调重大仪器、设备的配备工作。
（二十七）财务装备处。承担机关财务管理工作；组织机关、直属单位预决算编报工作；监督指导机关、直属单位政府采购、国有资产、基本建设管理；负责内部财务监督检查工作；承担各类资金管理工作，组织开展重大财政支出绩效评价；协调组织机关、直属单位收费管理、票据、罚没物资管理；指导本系统装备配备工作。
（二十八）人事教育处。负责机关和直属单位的干部人事、机构编制管理和干部队伍建设工作；负责离退休干部工作；负责外事管理和对外交流合作有关工作；指导基层规范化建设；参与职称评定和专业技术人员管理工作，协调职业资格准入、从业人员专业培训和继续教育工作。
机关党委。负责机关和直属单位的党群（意识形态）工作、精神文明、文明单位、文明行业建设工作。
