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转基因水稻安全证书是由中国农业部颁布的，说明转基因水稻是安全的，使用安全，不会对人体有任何问题。
1999年，农业部受理了华中农业大学培育的两种转基因水稻(转cry1Ab/cry1Ac基因抗虫水稻"华恢1号"及杂交种"Bt汕优63")的安全评价申请，经过11年的评价，于2009年8月17日颁发了安全证书，有效期为五年;2014年8月17日，这两张安全证书到期;如果安全证书续签没有成功，这些转基因水稻的安全证书将过期作废。
在中国，负责转基因生物安全评价工作的是国家农业转基因生物安全委员会，转基因水稻安全证书的发放是经过多年的安全评价，包括严格的实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验和申请生产应用安全证书等多个阶段，最后的决定是委员会根据评价结果做出的。