机构负责人: 丁路

企业管理科
机构职能:主要承担企业信用管理、企业认证、企业注册登记和备案管理等工作；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 王奇斌
保税监管科
机构职能:主要承担保税加工、保税物流、保税服务和出境加工的手（账）册设立、变更、核销，以及手（账）册项下保税货物的结转、外发、销毁、抵押等业务的单证作业；承担保税监管场所的审批管理和日常管理；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 吴根文
稽查科
机构职能:主要承担企业稽查及审核、核查、贸易调查、市场调查、引入中介机构协助稽查、主动披露等工作；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 陈峻
财务科
机构职能:主要承担预算决算及财务绩效管理；承担经费收支、财务会计、基本建设、政府采购、涉案财物、资产装备管理等工作；承办海关税费资金和罚没收入的收缴入库；指导监督事业单位和经济实体财务管理工作；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 于旭坤
法规督察科
机构职能:主要承担执法监督、执法评估、内控管理、内部审计、风险管理工作；承担重大决策部署推进落实情况的督察工作；联系协调内外部审计工作；立法建议、内部业务制度的合法性审核工作；归口管理普法教育、行政许可工作；组织实施知识产权海关保护工作；办理简单、简易行政处罚案件；承办行政复议、行政应诉、行政赔偿和法规部门管辖的申诉工作；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 梅申
综合业务二科
机构职能:主要承担上虞区企业进出口申报中的现场综合业务处置、单证验核、原产地签证管理、税款担保、现场验估等工作。办理非居民长期旅客进出境自用物品、留学回国人员购买免税国产汽车等非贸业务；承担其他需要承担的工作。
机构地址: 绍兴市上虞区市民大道1011号海关
联系方式: 85029177
机构负责人: 胡林土
办公时间: 上午：8:30-11:30 下午：13:00-16:30 夏季：14:00-17:00

综保监管科
机构职能:办理绍兴综合保税进出口申报中的现场通关业务；海关检查、检验、检疫业务；物流监控、海关监管作业场所管理、保税业务监管、新兴贸易业态海关监管、报关单位备案管理工作；跨境电子商务（1210）海关监管业务。
机构地址: 绍兴市越城区越兴北路7号绍兴综保区
联系方式: 85211900
机构负责人: 范晶
办公时间: 上午：8:45-12:00 下午：13:30-16:30 夏季：14:00-17:00
人事政工科（党委组织宣传部）
机构职能:主要承担干部人事、教育培训、机构编制、海关关衔、劳动工资等工作，承担离退休人员服务管理，组织推动人才队伍建设工作；承担党建、思想政治、廉政建设、准军事化建设、文化建设等工作；承担党委组织宣传部职责；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 张迭锋
监管二科
机构职能:主要承担上虞区进出境运输工具、货物，包括动植物、食品、化妆品的海关检查、检验、检疫工作，承担辖区物流监控工作和海关监管作业场所日常管理、承运企业审批管理等工作；承担其他需要承担的工作。
机构地址: 绍兴市上虞区市民大道1011号海关
联系方式: 85029177
机构负责人: 师利芬
办公时间: 上午：8:30-11:30 下午：13:00-16:30 夏季：14:00-17:00
法规督察科
机构职能:主要承担执法监督、执法评估、内控管理、内部审计、风险管理工作；承担重大决策部署推进落实情况的督察工作；联系协调内外部审计工作；立法建议、内部业务制度的合法性审核工作；归口管理普法教育、行政许可工作；组织实施知识产权海关保护工作；办理简单、简易行政处罚案件；承办行政复议、行政应诉、行政赔偿和法规部门管辖的申诉工作；承担其他需要承担的工作。
机构负责人: 梅申