负责人姓名：田云

2、秘书处（机关党委）
职能介绍：负责文电、会务、机要、档案、督办等机关日常运转工作。承担信息、保密、信访、政务公开、新闻宣传、接待等工作。承担财务、口岸管养经费专项审计等工作。负责党群工作。承担干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、外事、离退休人员服务等工作。承办上级交办的其他任务。
办公地址：深圳市福田南路10号口岸指挥中心大厦
办公时间：09:00-12:00，14:00-18:00
联系方式：0755-83394325（值班室统转）
负责人姓名：陈少杰

3、政策法规处
职能介绍：组织起草口岸地方性政策法规，并监督指导落实。承担国家粤港澳大湾区、口岸重大战略和发展规划、口岸营商环境等政策的研究分析工作，组织开展创新口岸查验模式、通关数据分析等相关课题研究。承担规范性文件和重大行政决策事项的合法性审查工作。承担改革性文件的起草工作。承办上级交办的其他任务。
办公地址：深圳市福田南路10号口岸指挥中心大厦
办公时间：09:00-12:00，14:00-18:00
联系方式：0755-83394325（值班室统转）
负责人姓名：张文青

4、口岸通关管理处
职能介绍：承担陆路口岸（含广深港高铁西九龙站口岸）的现场监管及口岸区域内设施养护等日常管理工作。承担海港口岸、空港口岸的日常协调工作。协调查验单位在陆海空铁各口岸开展查验工作。牵头安全生产工作，协助开展口岸反恐、应急、维稳、打私和扫黄打非等工作。协调深港直通巴士、来往深港澳之间客运船舶和国际航班临时加班的通关工作。牵头组织对新建或扩建泊位的口岸查验监管设施验收的准备工作。承担口岸关闭的报批工作。组织开展口岸文明共建活动。组织协调前海蛇口自贸片区口岸事宜。承办上级交办的其他任务。
办公地址：深圳市福田南路10号口岸指挥中心大厦
办公时间：09:00-12:00，14:00-18:00
联系方式：0755-83394325（值班室统转）
负责人姓名：江山
5、规划建设处
职能介绍：承担口岸规划建设有关工作。研究口岸整体布局规划。组织协调全市陆路口岸设施建设和改造计划，参与口岸建设的协调管理、设施设备改造等工作。承担一、二类口岸开放的报批工作，组织开展口岸查验单位定编、增编的审查报批工作。组织申报口岸政府投资项目计划和重大项目计划。承办上级交办的其他任务。
办公地址：深圳市福田南路10号口岸指挥中心大厦
办公时间：09:00-12:00，14:00-18:00
联系方式：0755-83394325（值班室统转）
负责人姓名：贺里尧

6、口岸资产监管处
职能介绍：承担口岸国有资产管理工作，组织开展口岸国有资产的清查、建档、审核、移交、接收、配置、使用、监督检查、运行维护、节能减排和安全生产等工作，完善口岸资产手续。拟定口岸管养方案，定期开展口岸管养绩效考核工作。承担原特区管理线检查站管理维护工作。负责口岸非税收入管理。承担内部审计工作。承办上级交办的其他任务。
办公地址：深圳市福田南路10号口岸指挥中心大厦
办公时间：09:00-12:00，14:00-18:00
联系方式：0755-83394325（值班室统转）
负责人姓名：李鸿威