马关县疾病预防控制中心内设10个科室，具体如下：

中心办公室0876-7122536；

后勤科（财务科）0876-7124511；

预防接种门诊0876-7120217；

卫生检验科0876-7469555；

免疫规划科0876-7120253；

结核病防治科0876-7127561；

艾滋病防治科0876-7123144；

地方病防治科0876-7120237；

处突办公室0876-7120211；

慢性病管理科0876-7469558。