国务院台湾事务办公室是根据1988年9月9日第21次常务会议决定成立的国务院办事机构，是国务院直属事业单位，现任主任为张志军 。
1991年3月国务院机构改革决定，国务院台湾事务办公室与中共中央台湾工作办公室一个机构两块牌子，列入中共中央直属机构序列。
该办公室遵循党中央和国务院制定的方针、政策，负责管理、指导、协调国务院有关部门和省、市、自治区人民政府在经济、科技、教育文化等方面涉台事务；对各部门、各地区贯彻执行中央、国务院方针、政策的情况进行督促检查，组织制定涉台事务的有关政策和规定。
主要职责
1、研究、拟订对台工作方针政策：贯彻执行党中央、国务院确定的对台工作的方针政策。
2、组织、指导、管理、协调国务院各部门和各省、自治区、直辖市的对台工作：检查了解各地区、各部门贯彻执行党中央、国务院对台方针政策情况。
3、研究台湾形势和两岸关系发展动向：协调有关部门研究、草拟涉台的法律、法规，统筹协调涉台法律事务。
4、按照国务院的部署和授权，负责同台湾当局及其授权社会团体谈判及签署协议文件的有关准备工作。
5、管理协调两岸通邮、通航、通商事务；负责对台宣传、教育工作和有关台湾工作的新闻发布；处理涉台的重大事件。
6、会同有关部门统筹协调和指导对台经贸工作和两岸金融、文化、学术、体育、科技、卫生等各个领域的交流与合作，以及两岸人员往来、考察、研讨等工作，国际会议的涉台工作。
7、完成国务院交办的其他任务。