宾阳县水利局设四个内设机构：办公室、规划建设管理股、河长制工作股、水旱灾害防御股；三个二层机构：宾阳县水利工程建设服务站、宾阳县水资源行政执法大队、宾阳县水库移民安置服务中心。

(一)办公室。负责局机关日常运转工作，负责文秘、机要档案、局机关内部规章制度建设等。承担绩效考评、信息、保密、信访、政务公开、新闻宣传、财务等工作。负责部门预决算管理工作。承担局机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资教育培训、职称改革、出国(境)和离退休人员管理等工作，指导全县水利系统人才队伍建设。组织协调依法行政工作，提出综合性水利政策研究建议。

(二)规划建设管理股。拟订全县水利发展规划，组织编制水利综合、专业、专项等重大规划。组织指导有关防洪论证、水利工程建设项目合规性审查、跨区域跨流域水资源供需形势分析、大中型调水工程前期工作。承担全县实施最严格水资源管理制度相关工作。组织开展全县大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。指导水利行业供水和各镇供水工作。组织编制全县水土保持规划并监督实施，组织实施全县水土流失综合防治工作，组织实施水土流失监测、预报。负责有关生产建设项目水土保持监督管理，指导国家、自治区、南宁市和宾阳县水土保持建设项目的实施。

指导全县水利工程建设管理,组织拟订有关制度并组织实施。指导水库、堤防、水闸等水利工程的运行管理、维修养护和综合利用与划界。组织指导水库大坝、水闸注册登记管理。组织指导水库运行调度规程或调度运用方案的编制和监督实施。

督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。承担全县水利工程移民安置的管理和监督工作。

(三)河长制工作股。承担宾阳县河长制办公室的日常工作事务，组织指导全县河长制湖长制工作落实和监督考核。督促落实宾阳县河长会议议决事项和总河长、河长交办的其他工作。指导全县河湖水域及其岸线的管理、保护和综合利用。指导全县河道采砂管理工作。组织指导水利风景区有关工作。

(四)水旱灾害防御股。组织编制全县洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担江河、湖泊、水库水情旱情监测预报预警工作。组织协调指导蓄滞洪区和防洪保护区管理工作。负责水利信息化工作。

机关党组织。负责机关和所属单位的党群工作。