漠河市水务局是市政府工作部门，为正科级。市水务局贯彻落实党中央、省委、地委、市委关于水利工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对水利工作的集中统一领导。主要职责是：负责保障水资源的合理开发利用。负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹和保障。组织实施最严格的水资源管理制度，实施全市水资源的统一监督管理，组织实施取水许可费、水资源费、水土保持费征收制度。组织实施取水许可、水资源论证和防洪论证制度。指导水资源保护工作。负责节约用水工作。指导水利设施、水域及其岸线的管理、保护与综合利用。负责水土保持工作。负责重大涉水违法事件的查处，协调和仲裁全市水事纠纷，指导水政监察和水行政执法。开展水利科技和外事工作。按规定制定水利工程建设有关制度并组织实施，负责提出市级水利固定资产投资规模、方向、具体安排建议并组织指导实施，提出市级水利资金安排建议并负责项目实施的监督管理。指导农村水利工作。负责落实综合防灾减灾规划相关要求，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。承担河湖长制组织实施具体工作，负责组织协调、调度督导、检查考核，落实河湖长确定的事项。