根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发〈吉林省机构改革方案〉的通知》（厅字〔2018〕106号〉, 吉林省水利厅（以下简称省水利厅）是省政府组成部门，为正厅级。主要职责是:
(一)负责保障水资源的合理开发利用。拟订全省水利战略规划和政策，起草有关地方性法规规章草案，组织编制全省水资源战略规划、江河湖泊流域综合规划、防洪规划等重大水利规划。
(二)负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹和保障。组织实施最严格水资源管理制度，实施水资源的统一监督管理，拟订全省水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。负责重要江河、区域以及重大调水工程的水资源调度。组织实施取水许可、水资源论证和防洪论证制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水利行业供水和乡镇供水工作。
(三）按规定制定水利工程建设有关制度并组织实施,负责提出水利固定资产投资规模、方向、具体安排建议并组织指导实施，按规定权限审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，提出水利资金安排建议并负责项目实施的监督管理。
(四)指导水资源保护工作。组织编制并实施水资源保护规划。指导饮用水水源保护有关工作，指导地下水开发利用和地下水资源管理保护。组织指导地下水超采区综合治理。
(五)负责节约用水工作。组织节约用水政策的贯彻落实，组织编制节约用水规划并监督实施，组织制定有关标准。组织实施用水总量控制等管理制度，指导和推动节水型社会建设工作。
(六)指导水文工作。组织实施水文水资源监测，负责水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报和水资源公报。按规定组织开展水资源、水能资源调查评价和水资源承载能力监测预警工作。
(七)指导水利设施、水域及其岸线的管理、保护与综合利用。组织指导水利基础设施网络建设。指导重要江河湖泊及河口的治理、开发和保护。指导河湖水生态保护与修复、河湖生态流量水量管理以及河湖水系连通工作。
(八)指导监督水利工程建设与运行管理。组织实施具有控制性的和跨市（州）的水利工程建设与运行管理。指导水利工程建设与运行管理，指导监督工程安全运行，组织工程验收有关工作，督促指导地方配套工程建设。
(九)负责水土保持工作。拟订水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告。 负责建设项目水土保持监督管理工作，指导全省重点水土保持建设项目实施。
(十)指导农村水利工作。组织开展大中型灌排工程建设与改造。指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。协调牧区水利工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。指导农村水能资源开发、小水电改造和水电农村电气化工作。
(十一)指导水利工程移民管理工作。拟订水利工程移民有关政策并监督实施，组织实施水利工程移民安置验收、 监督评估等制度。指导监督水库移民后期扶持政策的实施。
(十二)负责重大涉水违法事件的查处，协调跨市（州）水事纠纷，经省政府授权仲裁跨市（州）水事纠纷，指导水政监察和水行政执法。指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
(十三)开展水利科技和外事工作。组织开展水利行业质量监督工作，拟订水利行业的技术标准、规程规范并监督实施。办理国际河流有关涉外事务。
(十四)负责落实综合防灾减灾规划相关要求，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。承担水情旱情监测预警工作。组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施。承担防御洪水应急抢险的技术支撐工作。承担台风防御期间重要水工程调度工作。
(十五)承担水利行业领域的安全生产管理职责，指导督促企事业单位加强安全管理，依照有关法律、法规的规定履行安全生产监督管理职责，开展监管执法工作。
(十六)完成省委、省政府交办的其他任务。
(十七)职能转变。省水利厅应切实加强水资源合理利用、优化配置和节约保护。坚持节水优先，从增加供给转向更加重视需求管理，严格控制用水总量和提高用水效率。坚持保护优先，加强水资源、水域和水利工程的管理保护，维护河湖健康美丽。坚持统筹兼顾，保障合理用水需求和水资源的可持续利用，为经济社会发展提供水安全保障。
吉林省水利厅设下列内设机构：
办公室、人事（老干部）处、财务审计处、政策法规处（行政审批办公室）、规划计划处、监督处、水资源处（省节约用水办公室）、水利工程建设处、运行管理与水库移民处、河湖管理处、农村水利水电处、水土保持与科技处、水旱灾害防御与水文处、机关党委。
负责人：王相民
