横琴粤澳深度合作区财政局主要有以下职责：

（一）负责贯彻执行财税方针政策和法律法规，研究提出促进合作区经济社会发展的财税政策；

（二）负责编制年度财政收支预决算草案并经批准后组织实施；

（三）负责对财政资金使用情况进行绩效评估；

（四）负责公有资产监督管理等工作；

（五）负责公共采购管理工作；

（六）负责合作区与国际及其他地区的财税交流合作；

（七）负责完成执委会交办的其他工作。