横琴粤澳深度合作区经济发展局主要有以下职责：

（一）负责编制合作区发展的中长期规划、产业规划、科技规划和制定相关政策；

（二）负责推动科技研发和高端制造业、中医药等澳门品牌工业、文旅会展商贸等产业在合作区的发展；

（三）负责推动相关产业项目落地及平台建设，促进高端产业要素和资源在合作区集聚；

（四）负责推动建立科技创新机制，管理和优化科技资源配置，组织实施重大科技研究计划，推动科技研发成果产业化；

（五）负责知识产权保护工作；

（六）负责制定和执行合作区投资促进政策，组织实施相关投资促进计划，统筹对外合作事务；

（七）负责依法监督、管理和服务对外投资；

（八）负责外商投资信息报告等相关工作；

（九）建立健全合作区投资活动的监管体系；

（十）负责统筹协调口岸相关工作；

（十一）负责制定吸引和集聚国际高端人才的政策措施，吸引“高精尖缺”人才；

（十二）负责统筹合作区、粤港澳大湾区、横琴自贸试验片区、横琴国际休闲旅游岛等建设及营商环境、信用等工作；

（十三）负责完成执委会交办的其他工作。