临沂经济技术开发区商务科技局行使以下职能和权限：开发区科技创新工作，组织实施重大科技专项工作；推进开发区产学研结合的创新体系建设；推进高新技术发展及产业化；组织实施科技体制改革相关工作；推动农村、农业和社会发展领域科技进步工作；负责科技项目管理，组织科学技术奖评审和科技项目的引进与评估工作；负责开发区知识产权保护和管理工作；为中小型高新技术企业提供孵化服务，提升中小企业的创新能力、管理能力；负责全区科普工作；开发区商贸、物流、住宿餐饮类类项目的业务工作，以及相关投产运营企业的统计调度和管理等工作；对外贸易、对外经济合作、外国投资管理、对外招商工作；商务系统对应的开发区综合管理工作；市场的包扶服务、统计调度和日常管理等工作；电子商务工作；会展工作。

临沂经济技术开发区商务科技局内设机构为：综合科、外资外贸科、科技创新科、商贸物流科、市场电商科、科技孵化科、涉外综合科、贸易促进科。