黄州区交通运输局为区政府工作部门，主要负责全区交通运输行业管理、行政审批、公路建养、水陆运输市场监管和应急管理、组织实施区内重点交通工程建设、铁路经济建设服务和交通物流业发展等工作。

机构设置

黄州区交通运输局内设“一室六股”：办公室、人事股（离退休干部股）、财务审计股、行政审批股（政策法规股）、安全运输股（应急办公室）、综合计划股（建设管理股、交通战备办公室）、铁路规划建设股。

下辖八家局属事业单位（7个副科、1个正股）：区公路事业发展中心、区道路运输和物流事业发展中心，区港航事业发展中心、区农村公路事业发展中心、区交通运输综合执法大队、区武汉新港建设管理办公室、区铁路经济建设服务中心、区交通基本建设服务中心（正股）。