机构职能：履行全面从严治党主体责任，负责本关区基层党组织建设、队伍建设和日常管理工作。承担除西宁曹家堡机场海关、格尔木海关辖区以外的通关处置、现场验估、税收征管、业务统计、检验检疫、认证签证、企业管理、稽（核）查、进出境物品核准等业务工作。承担行政审批“一个窗口”受理工作。负责西宁关区减免税和本辖区加工贸易审核业务。执行反馈“两中心”及二级风险管理中心下达的指令。完成西宁海关交办的其他工作。

机构设置：西海海关内设综合科、业务一科和业务二科3个科室；