机构职能:负责丽江市内口岸、通道、保税监管场所的海关监管业务（含旅检及检验检疫业务），负责丽江市内的属地海关业务（含检验检疫业务）。目前主要开展：三义国际机场口岸旅检业务，含进出境人员行李物品查验监管、进出境人员及交通工具卫生检疫，口岸传染病监测、行李物品核生化监测、处置和综合管理等工作；进出境货物及运输工具监管；进出境动植物及其产品的检验检疫和监督管理；口岸区域内公共场所、食品生产经营单位、二次供水单位的卫生行政许可工作及日常卫生监督工作；口岸区域病媒生物监测工作；出境旅客离境退税工作；辖区行政许可受理、发证等工作；辖区原产地管理工作；辖区企业管理及稽核查工作；辖区内贸易统计、业务统计和统计分析工作。

机构设置:内设办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、监管科、旅检科4个科室。