浑南海关定位为属地型海关，主要承担沈阳地区相关进出口通关、税收征管及业务统计等职责。集中负责沈阳关区减免税、加工贸易（保税）、公自用物品备案核批工作。按照管理权限集中负责沈阳地区企业（海关特殊监管区域除外）的通用及特殊资质注册登记或备案，评审及认证工作。集中承接沈阳地区企业核查工作。负责党的基层组织建设和干部队伍建设。完成直属海关交办的其他工作。

机构设置

浑南海关内设科室7个：

（一）办公室（党委组织宣传部）

（二）备案核批一科

（三）备案核批二科

（四）备案核批三科

（五）核查一科

（六）核查二科

（七）核查三科