西林县疾病预防控制中心为全县人民身体健康提供疾病预防控制服务，是依法设立的公益一类副科级事业单位。

主要职能：一是疾病预防与控制，突发公共卫生事件应急处理，疫情及健康相关因素信息管理，健康危害因素监测与干预，疾病病原微生物检测鉴定和物理、化学因子检测评价，健康教育与促进，技术管理与应用研究指导等；二是承担着居民健康档案、预防接种、传染病报告与管理、健康教育、老年人健康、慢性病和严重精神性疾病等基本公共卫生服务项目管理、业务技术培训、督查指导和考核评估。三是组织实施传染病防控和扩大免疫规划工作等。

根据上述职责，西林县疾控中心设十个内设机构：

（一）办公室，负责中心业务协调、行政党建等工作。

（二）疾病控制科，负责急慢性传染病、寄生虫病、病媒生物和突发事件应急处置等工作。

（三）艾滋病防治科，负责艾滋病防治工作。

（四）免疫规划管理科，负责组织实施全县免疫规划、中心预防接种门诊接种以及学校卫生等工作。

（五）基本公共卫生服务管理科，负责基本公共卫生项目等工作。

（六）健康教育促进科，负责中心健康教育与促进以及全县健康教育业务指导等工作。

（七）卫生监测科，负责食品、水与环境、职业性、放射性疾病监测与干预等工作。

（八）检验科，负责健康危害因素（食源性、职业性、放射性和环境性疾病）检测，疾病病原微生物和物理、化学因子检测鉴定。

（九）质量管理科，负责中心实验室两项认证、检验检测质量控制和生物（化学)安全等工作。

（十）财务后勤科，负责中心财务管理及车辆驾驶等后勤保工作。