完成上级下达的疾病预防控制任务，负责全市疾病预防控制具体工作的管理和落实；指导全市医疗卫生机构开展卫生防病工作，负责考核和评价，对从事疾病预防控制相关工作的人员进行培训；对影响人群生存环境及生命质量的危险因素进行卫生监测；对血吸虫病、结核病、性病艾滋病、麻风病等传染病，地方病、慢性病、职业病、重性精神疾病等非传染性疾病的发生、分布和发展规律进行流行病学监测并制定防控对策；负责全市突发公共卫生事件的监测调查与信息收集、报告，落实具体控制措施；负责疫情和公共卫生健康危害因素监测、报告，指导乡、村和有关部门收集、报告疫情。负责全市疫苗使用管理，组织实施免疫、消毒、控制病媒生物的危害，组织实施预防接种，对预防用生物制品的使用进行检测管理。开展卫生宣传教育与健康促进活动，普及卫生防病知识，指导和参与社区卫生服务工作；负责向社会提供相关的预防保健信息、健康咨询和预防医学诊疗技术服务。开展病原微生物常规检验、常见污染物的检验、相关医学检查以及实验室质量控制工作。组织开展全市职业监护工作，对全市职业病危害因素进行检测、登记、申报。开展各类就业前及转岗、离岗体检或上门体检，从业人员健康检查等体检服务，并对体检结果进行相关的评价与指导；开展特色口腔专业服务，为全市人民提供优质价廉的口腔诊疗服务；开展全市城区适龄儿童国家免疫规划疫苗和非免疫规划疫苗常规接种、狂犬病暴露处置、成人易感人群的HPV、乙肝、出血热等疫苗接种；承担全市民生工程重大传染病艾滋病、贫困结核病、晚期血吸虫病病人医疗救治工作。

内设科室：办公室、防疫科、血地防科、财务科、结核病防治科、健康教育科、卫生科、慢性非传染性疾病防治科、艾滋病性病防治科、地方病医院、检验科、质量管理科、总务科。