根据《中共汕头市委、汕头市人民政府关于印发〈汕头市人民政府机构改革方案〉的通知》（汕发〔2009〕14 号），设立汕头市交通运输局，为市政府工作部门。
根据汕府办〔2010〕171号、汕机编办〔2014〕87号、汕机编办〔2014〕89号、汕市办〔2019〕46号，汕头市交通运输局职责如下：
一、职责调整
（一）将原市交通局的职责划入市交通运输局。
（二）取消和调整已由省、市人民政府公布取消和调整的行政审批事项。
（三）取消税费改革涉及交通规费的征收管理职责。
（四）加强综合运输体系的规划协调职能。
（五）加强统筹区域和城乡交通运输的协调发展职能。
（六）增加“城市轨道规划、建设、运营监管”职能。
（七）市交通运输系统事业单位行政职能划归市交通运输局机关，增加“公路路政、道路运政、水路运政、港口管理及交通建设项目工程质量监督”等职能。

二、主要职责
（一）贯彻执行国家、省和市有关交通运输工作的方针政策和法律法规，起草有关地方性法规、规章草案和政策措施并监督实施；组织拟订公路、水路、地方铁路行业发展规划，参与拟订物流业发展战略和规划。
（二）负责涉及综合运输体系的规划协调工作；会同有关部门组织编制综合运输体系规划，指导、协调交通运输枢纽规划和管理。
（三）负责协调中央、省垂直管理的海事、民航、铁路、航道、航标、救助、打捞等管理机构的涉地相关工作；组织协调重点物资运输、涉外运输、节假日旅客运输工作。
（四）承担公路、水路、地方铁路建设市场监管责任。组织、协调公路、水路、地方铁路、城际轨道交通、道路客货运输站场等交通基础设施的规划建设；组织、协调收费公路和组织实施地方公路、农村公路的建设及养护；监督管理公路、水路交通工程质量、安全生产及造价工作，指导交通运输基础设施管理和维护。
（五）承担道路、水路运输市场监督管理责任。负责全市道路、水路运输（含城市公共交通）行业管理及各项审批（核）事项；负责交通综合行政执法工作。
（六）负责政府拨款的交通建设资金的管理和监督，协调或参与交通建设资金的筹集，负责局管交通资金的拨付和监管；负责收费公路管理及公路联网收费的组织协调和监管工作。
（七）指导、监督交通行业技术标准和规范的实施，指导公路、水路行业环境保护和节能减排工作，引导交通运输业优化结构，协调发展。
（八）组织、协调和参与管理交通行业利用外资工作，开展对外交流与合作工作。
（九）指导公路、水路运输行业安全生产和应急管理工作；负责市交通战备办公室日常工作。
（十）承办市委、市政府和上级有关部门交办的其他事项。