根据职能调整，伊犁自治州交通运输局的主要职责是

  （一）贯彻落实交通运输行业法律、法规、规章，起草有关地方性法规、政府规章草案和政策措施并监督实施。

（二）拟订公路、水路交通运输发展规划、计划并监督实施。会同有关部门组织编制综合运输体系规划，参与拟订交通物流业发展战略与规划。

（三）承担道路、水路交通运输综合管理及其管理市场监管工作。贯彻执行自治区道路、水路运输有关政策、准入制度、技术规范和运营规范。承担运输线路、营运车辆、枢纽及运输站场的管理。指导城乡交通运输协调发展和城乡交通运输一体化，指导公共交通、出租汽车行业管理。负责公路、水路的衔接和协调。

（四）负责农村公路建设、养护专项资金监督管理。负责并指导交通行业财务、审计、统计工作。

（五）承担公路、水路建设市场的监管责任，维护交通建设市场公平竞争秩序。负责交通基础设施的规划、建设和管理。贯彻执行自治区公路、水运工程建设有关制度和技术规范并监督实施，承担管辖交通建设项目的招投标监督管理、市场准入、竣工验收和质量监督等工作。

（六）负责公路养护管理和路政管理工作，依法保护公路路产路权。负责公路安全保护工作。根据权限范围，监督指导货运车辆超限治理工作。

（七）指导交通运输行业体制改革。会同有关部门培育和管理交通运输市场、交通基础设施建设市场、建立完善交通运输行业信用体系建设。

（八）负责交通运输行业安全生产监督管理。负责运行监测和应急处置协调工作，组织协调应急重点物资和紧急客货运输工作。

（九）贯彻执行交通行业科技政策、技术标准和规范；引导交通运输行业优化结构、协调发展。指导交通运输信息化建设，监测分析运行情况。指导交通运输行业环境保护和节能减排工作。

（十）监督指导交通运输综合行政执法工作。指导交通运输行业的法制宣传、行政复议、行政应诉、行政执法和监督工作。指导交通运输行业职业教育和培训工作。

（十一）指导交通运输行业开展国际经济技术合作与交流及利用外资工作。

（十二）完成自治州党委、自治州人民政府交办的其他任务。