2002年阜康市红十字会实行机构单设，核定事业编制2名，实行财政全额预算管理。2005年，升格为正科级建制，设有参公管理编制3名，工勤岗1名。

近年来，红十字会大力弘扬“人道、博爱、奉献”的精神，加强自身能力建设，深化“三救三献”核心业务，加大红十字文化宣传，弘扬社会文明风尚，有效发挥党和政府桥梁纽带作用，圆满完成了各项工作任务并取得显著成效。2008年荣获自治区红十字会抗震救灾先进集体；2016-2019年连续四年荣获中国红十字总会报刊宣传先进集体；2014-2019年荣获《纪念中国红十字会建会110周年全国青少年红十字运动和防灾减灾知识竞赛试卷》三等奖；2017年、2019年荣获自治区、昌吉州红十字会应急救护技能大赛第一名。