根据机构改革昌市事改发〔2014〕43号和昌市政办发〔2012〕90号本单位承担的职能共14项，具体是：

（一）负责《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国渔业法》等水法律、法规的组织实施和监督检查，拟定昌吉市水行政的政策措施、发展战略和中长期规划，并依法监督实施。

（二）统一管理昌吉市区域内水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定昌吉市水的中长期供求计划、水量调配方案，对昌吉市年度用水实行总量控制并监督实施；组织有关昌吉市国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪论证工作；组织实施取水许可证制度和水资源费征收制度。负责组织实施昌吉市水资源动态监测工作，定期向州水利部门上报。

（三）负责昌吉市水政监察和水行政执法工作；协调并仲裁昌吉市境内水事纠纷。    

（四）拟订实施节约用水政策，负责区域内节约用水管理工作，建立和完善节水制度，负责城乡规划区地下水资源的管理保护，监督指导城乡采水和管网输水、用户用水中的节约用水工作；监督管理节约用水工作。

（五）按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，负责实施区域内水资源保护规划，组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测河库水量、水质，监测地下水水位、水质、水温并定期向上级报告；审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。

（六）拟订水利、水电、的经济调节措施，管理和监督水利部门的国有资产的保值、增值，对水利资金的收缴、使用和管理进行监督检查。负责全市水利行业的供水、水产及多种经营工作；会同有关部门研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。

（七）负责编制、审查、申报昌吉市辖区内水利基本建设项目建议书和可行性研究报告及初步设计，负责监督实施水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范；负责编审上报和实施全市水利基本建设及各类水利专项建设前期工作的年度投资计划。

（八）负责全市水利设施、水域及其岸线的管理与保护；负责昌吉市三屯河水库及其下游河道的综合治理和开发利用工作；承担全市水利工程的建设和管理责任；负责水库、水电站大坝的安全监管；管理农牧区水利、乡镇供水、人畜饮水、城市供水水源建设和水环境保护等工作，主管全市农田水利基本建设工作；负责引进和推广水利、水产科学技术。

（九）负责昌吉市水土保持工作。研究制定水土保持工程措施规划，组织实施水土流失的监测和综合防治。

（十）负责昌吉市防汛抗旱总指挥部的日常工作，主管昌吉市防洪抗旱工作；负责昌吉市防洪抗旱减灾工作。

（十一）负责权限内建设项目水资源论证报告书、水利基建项目初步设计文件、水利工程开工、填堵、占用或拆毁江河的故道、旧堤、原有工程设施等、水库大坝管理范围和保护范围内修建码头、鱼塘、开垦禁止开垦坡度以下、五度以上荒坡地的审批；负责权限内取水、河道采砂许可；负责权限内河道管理范围内建设桥梁、码头和其他拦河、跨河、临河建筑物、构筑物,铺设跨河管道、电缆工程建设方案的审查；负责山区、丘陵区、风沙区开发建设项目水土保持方案审核及水土保持设施的验收。

（十二）负责用水定额的审核；负责水利信息化工作。

（十三）承办昌吉市人民政府交办的其他事项。