北京住房公积金管理中心是根据《国务院关于修改<住房公积金管理条例>的决定》（国务院令第350号）决定，经北京市人民政府批准，在北京市住房资金管理中心的基础上，对机构和人员进行重组后，于2002年10月10日组建成立。管理中心同时保留北京市住房资金管理中心的牌子。

管理中心为市政府直属的副局级事业单位。中心设置3个分中心：中共中央直属机关分中心、中央国家机关分中心、北京铁路分中心；内设11个处室，机关党委（党建工作处）、机关纪委和工会；垂直管理20个分支机构（18个管理部和住房公积金贷款中心、结算中心）；下设2个所属事业单位：北京住房公积金客户服务中心、北京市住房贷款担保中心。

北京住房公积金管理中心的主要职责是：

(一)编制、执行北京地区住房公积金的归集、使用计划；

(二)负责记载北京地区职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况；

(三)负责北京地区住房公积金的核算；

(四)审批北京地区住房公积金的提取、使用；

(五)负责北京地区住房公积金的保值和归还；

(六)编制北京地区住房公积金归集、使用计划执行情况的报告；

(七)承办北京住房公积金管理委员会决定的其他事项。

北京市住房资金管理中心负责住房资金（商品住宅专项维修资金、售后公有住房住宅专项维修资金、住房补贴、房改售房款）的管理，主要包括：

（一）住房资金归集支取管理；

（二）住房资金财务核算；

（三）住房资金系统及数据管理。