中华人民共和国太仓海事局经中央机构编制委员会办公室（中央编办复字［2010］第152号）批复成立，于2010年7月19日揭牌成立，为江苏海事局正处级分支机构。太仓海事局的前身是江苏太仓海事处，于2001年1月18日成立。依据国际公约及我国法律法规，太仓海事局负责对长江太仓水域实施水上安全监督管理，防治船舶污染水域，实施口岸开放监管，维护辖区通航秩序，同时承担太仓市水上搜救中心的日常工作。
根据上级批复，太仓海事局设立办公室、人事教育处、装备信息处、财务会计处、指挥中心（搜救中心办公室)、通航管理处、执法督察处、船舶监督处、危管防污处、党群工作部(纪检监察处)10个内设机构和政务中心、海巡执法支队2个处室办事机构。设立中华人民共和国太仓海事局浮桥、璜泾、浏河办事处，履行原海事处筹备组相关职责。
太仓海事局辖区拥有长江岸线38.8公里，管辖范围上界自钱泾河口与崇明岛上端连线，与常熟海事处、南通海事局交界；下界至浏黑屋与崇明岛施翘河信号杆连线与上海海事局宝山、崇明海事处交界。