吴淞海事局前身为上海港务监督吴淞监督站，成立于1956年，1988年海监体制改革后，行政隶属于上海海上安全监督局， 2000年9月，经交通部海事局批准，作为上海海事局直属海事分支机构之一，更名为“上海吴淞海事处”。2013年，更名为“中华人民共和国吴淞海事局”，正处级单位。包括办公室、政治处、综合业务处、执法督察处、指挥中心5个内设机构；政务中心、船舶安全检查中心、船舶交通管理中心3个处室办事机构；张华浜海巡执法大队、吴淞口海巡执法大队、深水航道海巡执法大队、绿华山海巡执法大队、海区海巡执法大队5个执法大队。负有水域巡航、通航秩序维护、水上水下活动监管、船舶安全检查、水域防污染、水上抢险救助及处置突发性水上安全事件等职责。

管辖水域包括长江上海段吴淞口以下主航道、主要锚地、长江口水域，绿华山南锚地以及黄浦江101灯浮至107灯浮水域。辖区水域船舶流量大、交通密度高、船舶种类多、重点工程多、集装箱航线和班轮多、大型邮轮和客船航线密集、过境船舶多、恶劣天气频繁，通航环境极其复杂，极易发生水上险情事故。上海海事局的管辖重点“两口一线”——长江口、吴淞口和深水航道，均位于我局辖区，是船舶进出上海港和长江沿岸港口的必经水道。其中，长江口深水航道素有“黄金水道”、“水上高速”之称，是关系整个长江航运经济发展的水上生命线。