巴音郭楞蒙古自治州审计局主要职责：

（一）主管全州审计工作。
（二）起草地方性审计规范性文件，贯彻执行审计法律法规规章、国家审计准则和指南并监督执行。
（三）向自治州党委、自治州党委审计委员会、自治州人民政府以及受自治州人民政府委托向自治州人大常委会分别提出年度自治州预算执行和其他财政支出情况审计报告、审计结果报告、审计调查情况及结果、审计工作报告、审计查出问题整改情况报告等。
（四）根据自治州年度审计项目计划依法审计，出具审计报告，在法定职权范围内作出审计决定。
（五）按规定对属于本级审计机关审计监督对象的党政主要领导干部及其他单位主要负责人实施经济责任审计和自然资源资产离任审计。
（六）组织实施对国家财经法律法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、财政预算管理及国有资产管理使用等与国家财政收支有关的特定事项进行专项审计调查。
（七）依法检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题，依法办理被审计单位对审计决定提请行政复议、行政诉讼或自治州人民政府裁决中的有关事项。
（八）指导和监督内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
（九）与县市党委和政府共同领导县市审计机关。
（十）指导和推广信息技术在审计领域的应用。
（十一）承办自治州党委、自治州人民政府交办的其他事项。