巴州疾病预防控制中心主要职责：

1.疾病预防与控制。调查、分析和研究传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染病等疾病的发生、分布、流行和发展规律，开展流行病学监测和实验室检测，制订预防控制策略与措施，实施疾病预防控制工作规划和方案，预防控制相关疾病的发生与流行。
2.突发公共卫生事件应急处置。承担《突发公共卫生事件应急条例》及相法律法规规定的任务，开展突发公共卫生事件，救灾防病的应急准备、监测报告、调查确认、预测预警、现场处置和效果评估。
3.疫情及健康相关因素信息管理。构建和维护公共卫生信息网络系统，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息，建立健全预测预警机制，为应急处置和疾病预防控制决策提供依据，为社会提供信息服务。
4.健康危害因素监测与控制。开展食品、职业、环境、放射、学校等领域中影响人群生存及生命质量的危险因素的监测，提出干预策略，预防控制相关因素对人体健康的危害，减少食源性疾病、职业病、环境相关疾病、学生常见病和中毒事件的发生。
5.实验室检测分析与评价。开展疾病和健康相关危害因素的生物、物理、化学因子的检测，进行传染病病源学分离鉴定、疾病危害因素实验室诊断、中毒事件的毒物分析与鉴定和毒理学评价，为突发事件的应急处置、疾病和健康相关危害因素的疾病预防控制及卫生监督执法等提供技术支持。
6.健康教育与健康促进。开展健康教育、健康咨询，普及卫生防病知识，进行心理和行为干预。运用健康促进的策略，动员社会共同参与卫生防病工作，提高公众的健康意识和社会社会公德意识，帮助公众掌握自我保健与防护技能，减少疾病流行和突发事件造成的身心危害，提高生命与生活质量。
7、技术指导与应用研究。拟定重点疾病及健康危害因素预防控制规划、预案和工作方案；对疾病预防控制工作进行技术指导、培训和考核；开展应用性研究；引进开发和推广应用新技术、新方法；承担技术仲裁，提供技术咨询。