新疆巴音郭楞蒙古自治州农业科学研究院主要职责：

以科技创新为引领，承担自治州主要农作物新品种选育、引进和高产栽培技术研究以及新成果、新技术、新产品的示范、推广转化；借助当地独特的自然条件和气候条件，对种植业品种种质资源开展长期的征集、研究、保存和利用；对种植业、特色林果业、优势产业的病虫害发生规律和综合防治技术开展研究；对设施农业开展综合研究；解答上级党委、政府及当地党政部门对自治州农业问题的咨询；对自治州农业重大灾情、病虫情发生预警和救灾预案的提出；农业科学知识普及，农牧民科技培训等