食物环境卫生署由食物环境卫生署署长掌管。食物环境卫生署署长负责督导食物环境卫生署的运作，因应社会不断转变的需求和期望，提供优质服务。

其下有食物安全专员，二名副署长，私营骨灰安置所事务专员，分别管理食物安全中心，环境卫生部，行政及发展部和私营骨灰安置所事务办事处。