深圳特办由商务部指派的特派员领导。 

深圳特办下设： 

1、办公室 负责深圳特办日常行政工作、财务、对外联络和后勤服务工作；

2、调研处 收集深圳内外贸、外经、外资等经济工作的重要商务信息并及时上报商务部；围绕商务部各个时期的工作重点，在当地开展有针对性的调研工作；客观、真实地将当地商务工作中存在的问题及当地企业存在的带有普遍性的问题反映到商务部；负责深圳特办网站栏目信息的发布、更新和维护工作。

3、业务处 负责签发供港、澳地区（陆运）鲜活出口许可证和签发部分深圳市企业的进出口许可证。 

商务部驻深圳特派员办事处，简称深圳特办，于1988年5月15日成立。 

深圳特办事是商务部派驻深圳行使部分政府行政职能的机构，受商务部领导，并向商务部负责。 

一、落实商务发展政策法规和要求 

（一）检查深圳地区的商务主管部门、中介组织和企业贯彻执行国家国内外贸易、外商投资和国际经济合作法律法规、方针政策的情况。 

（二）及时反映各项商务政策措施出台或调整后，在深圳地区的实施情况及意见。 

〈三）监督检查深圳地区各项商务发展规划、商务标准的执行情况，促进商务规划的执行和标准体系建设工作。 

二、加强与深圳地区的工作联系和沟通 

（四）加强特派员办事处与深圳地方党委及人民政府、商务主管部门以及海关、税务、工商、质检等部门的工作联系。 

（五）建立同深圳贸工局的工作联系机制，研究解决地方商务发展中的问题。出席、列席当地人民政府和商务主管部门的相关会议。 

（六）建立特派员办事处向深圳地区人民政府工作通报制度。 

（七）协助深圳地区做好同商务部各直属单位、商会、协会、学会和驻外经济商务机构的各项联系合作。 

（八）协助相关司局做好全国人大代表建议和全国政协委员提案的联系、沟通和办理工作。 

三、推动各项商务重点工作的开展和落实 

（九）商务部在深圳地区推动的重点工程，作为项目管理单位参加相关工作。 

（十）监督检查商务部重点工程在深圳的开展情况，总结深圳的经验，及时发现、报告、排查、解决问题。 

（十一）了解各类中央促进资金支持深圳商务发展项目情况进度，受商务部委托监督项目专项资金管理及使用情况。 

四、认真做好为深圳的服务，为深圳发展办实事 

（十二）及时向商务部反映深圳商务发展情况，特别是深圳迫切希望商务部帮助解决的问题。 

（十三）积极参与和支持深圳商务发展重要工作和重大项目。 

（十四）加强同商务部地方工作联系机制协作组的配合，共同，落实为深圳办实事。 

（十五）落实好商务部同深圳商定的具体项目和工作。 

（十六）建立商务政策定期宣传工作机制，给深圳商务主管部门和企业提供咨询和指导。 

（十七）在特办设立公共商务信息服务站点，提供公共商务信息服务。 

五、加强市场运行动态监测，推动市场体系建设 

（十八）建立深圳地区重要消费品及主要生产资料的市场运行动态、价格波动、储备及进出口情况月报告制度。 

（十九）及时分析市场运行特点、发展趋势和焦点问题，及时掌握和报告重大市场动态。 

（二十）积极推动城市商业发展规划、国内贸易发展和农村市场体系建设工作。 

（二十一）协助商务部和深圳商务主管部门打破地区封锁，维护公平竞争秩序，推进商务信用体系建设工作。 

（二十二）配合做好处理深圳知识产权举报投诉服务中心的建设、管理、运行以及案件的跟踪督办工作。 

六、积极促进深圳区域协调发展 

（二十三）结合自身特点，为深圳地区的区域发展服务。 

（二十四）加强与部机关有关司局和驻外经商机构的联系与合作，为深圳企业开拓国际市场提供帮助。 

（二十五）通过举办研讨会、座谈会等方式，为区域经济协调发展搭建平台。 

七、协助做好展会工作 

（二十六）参与商务部在深圳主办的各类展会活动，做好承办单位与部机关的联系协调工作。 

八、进出口商品许可证发放和管理工作 

（二十七）签发深圳地区部分进出口许可证、自动进出口许可证或其他进出口许可证件，接受商　务部相关单位的业务指导。 

九、调研和信息报送工作 

（二十八）掌握深圳地区经济发展的基本情况，调查研究深圳商务发展状况和工作中存在的问题，反映和分析商务重点工程在深圳实施中的突出问题，提出切实可行的建议。 

（二十九）及时反映深圳商务发展中的突发事件和热点、难点、焦点问题。 

（三十）承担商务部及各司局布置的各项专项调研任务。 

十、代表商务部出席守参加有关商务活动 

（三十一）受商务部或有关司局委托；出席深圳有关重要商务活动，协调处理深圳有关商务工作。 

十一、办理商务部交办的其他事项