国家税务总局珠海万山海洋开发试验区税务局的主要职责是：

（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。

（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。

（三）负责研究拟定本单位税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本单位税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。

（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为上级税务机关和珠海万山海洋开发试验区管委会提供决策参考。

（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。

（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。

（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。

（八）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。

（九）负责组织实施本单位各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。

（十）负责本单位内部控制机制建设工作，开展对本单位贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。

（十一）负责本单位基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本单位绩效管理和干部考核工作。

（十二）负责本单位机构、编制、经费和资产管理工作。

（十三）完成国家税务总局珠海市税务局和珠海万山海洋开发试验区管委会交办的其他工作。

主要职责包含登记注册在万山海洋开发试验区所辖各海岛范围内纳税人；港珠澳大桥人工岛范围内纳税人以及万山海洋开发试验区管委会拥有物业所在地纳税人。万山海洋开发试验区管委会拥有物业具体包括：东光大厦（梅华东路301号2单元）、担杆大厦（沿河东路323号）、东区大厦（海虹路29号）、香埠路物业（香埠路48-68号）、香洲港服务公司大楼（朝阳路29号）、山星工业城（界冲村山星工业城）。