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承担厦门市思明区、湖里区(不含海关特殊监管区域和厦门高崎国际机场)加工贸易、保税监管以及相关海关管理工作,承担关区集中审像、机动查验、复查复验、公自用物品备案工作,承担厦门市思明区、湖里区(不含自贸片区)的企业注册登记、企业核查等工作,厦门市行政片区的一般企业认证、企业信用培育、企业协调员工作,厦门行政片区(特殊监管区域除外)的减免税审批工作。
下设机构:办公室(党委办公室)、人事政工科(党委组织宣传部)、综合保障科、法律事务科、综合业务科、加工贸易监管科、关税科、机动查验科、集中审像科、现场业务科、企业认证科、核查科。