根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》（厅字〔2009〕7号），设立新疆维吾尔自治区科学技术厅（以下简称自治区科技厅），为自治区人民政府组成部门。
一、职责调整
（一）取消已由国务院和自治区人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）将自治区科技计划项目的课题承担单位由审批确定改为专家评审确定，相关工作交给事业单位或社会中介组织；将科技成果评价工作交给事业单位或中介组织。
（三）加强自治区科技进步工作的组织管理和统筹协调职责，优化科技资源配置。
（四）加强自治区科技重大专项组织实施综合平衡的牵头职责，推进区域创新体系建设。
（五）加强科技支撑计划项目课题的实施管理、科技成果推广和技术市场的具体管理职责。
二、主要职责
（一）贯彻执行国家、自治区有关科技工作的方针、政策和法律法规；牵头拟订自治区科技发展规划、政策，起草有关法规规章草案，并组织实施和监督检查。
（二）负责组织制订自治区重点基础研究计划、高技术研究发展计划和科技支撑计划，负责统筹协调基础研究、前沿技术研究、重大社会公益性技术研究及关键技术、共性技术研究，牵头组织自治区经济与社会发展重要领域的重大关键技术攻关。
（三）会同有关部门组织自治区科技重大专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和制定相关配套政策，对科技重大专项实施中的重大调整提出意见。
（四）负责编制和实施自治区重点实验室等科技基地计划，会同有关部门拟订重大创新基地建设规划，参与编制自治区重大科学工程建设规划，提出科研条件保障的规划和政策建议，推进自治区科技基础条件平台建设和科技资源共享。
（五）制定政策引导类科技计划并指导实施，会同有关部门拟订自治区高新技术产业化政策,指导自治区级高新技术产业开发区建设。
（六）组织拟订自治区科技促进农村和社会发展的政策,制订相关措施和办法,加强农村科技服务体系建设，促进以改善民生为重点的农村建设和社会建设。
（七）会同有关部门拟订自治区促进产学研结合的相关政策、制定科技成果推广政策,指导科技成果转化工作,组织相关重大科技成果应用示范,推动企业自主创新能力建设。
（八）研究提出自治区科技体制改革的政策和重大措施建议，推进科技体制改革工作，审核相关科研机构的组建和调整，优化科研机构布局。
（九）负责本部门预算中的科技经费预决算及经费使用的监督管理,会同有关部门提出科技资源合理配置的重大政策和措施建议,
优化科技资源配置。
（十）负责自治区科学技术奖评审的组织工作，会同有关部门拟订自治区科技人才队伍建设规划，提出相关政策建议。
（十一）制定自治区科普规划和政策，拟订促进技术市场、技术中介组织发展政策，制定科技保密管理办法，负责相关科技评估管理和科技统计管理。
（十二）组织拟订自治区对国外和港澳台科技合作与交流的政策；指导相关部门对国外和港澳台科技合作与交流工作。
（十三）承办自治区人民政府交办的其他事项。
其他事项
（一）与科学技术部建立工作会商机制，共同组织实施“全国科技支疆行动”，动员全国科技力量和成果与我区实现对接，加快自治区经济社会发展。
（二）建立科技工作重大问题会商与沟通机制。自治区科技厅与发展和改革委员会、经济和信息化委员会、教育厅、财政厅等部门建立会商与沟通机制，提出科技资源合理配置的重大政策和措施建议，优化科技资源配置。
