目前电子税务局提供三种扣款方式（自动扣款（预约或不预约）、手动扣款）
（1）自动扣款（预约）：在各税费种申报完毕点击全申报后（此时申报状态为已申报（未导入）的状态），用户可以点击“预约扣款”按钮（全申报按钮右边），选择自定义扣款时间（不能预约征期最后一天），到了预约时间，系统就会自动发起扣款任务。如该申报表已导入金三系统，则不能再发起预约扣款（目前地方税费只有部分报表已放置预约扣款按钮，如增值税申报表等）。另预约扣款只针对已签订三方协议的纳税人，且按次申报的税种申报表目前尚未添加预约扣款按钮！
（2）自动扣款（不预约）：针对未选择预约扣款的欠税数据，等申报状态转为已申报（已导入），系统就会自动发起扣款任务；或者之前有扣款失败的欠税数据，系统也会自动放入扣款队列里，分时间段滚动发起任务。
（3）手动扣款：申报状态转为已申报（已导入）（即已导入金三中，金三征收开票处可以看到此税款）后，除了系统自动扣款外，也可以手动扣款。功能在我要办税-税费申报及缴纳-税款缴纳（左侧），用户可以在此处自由选择扣款条数，系统根据所选的税种归属自动调用三方协议进行扣款。
