从各试点地区的改革方案当中也能看到，主导试点改革的工商行政部门也注意到利用企业简易注销试点改革逃避责任或从事违法犯罪活动的问题。例如浙江省工商行政管理局的改革试点实施方案中就规定：恶意利用企业简易注销程序逃避债务或者侵害他人合法权利的，登记机关依相关法律法规进行处理，相关利害关系人可以通过民事诉讼，向投资人主张其相应民事责任，投资人违反法律、法规及规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。虽然依照相关民商事法律法规，即便企业被注销利害关系人依然能够行使诉讼权利，但是企业被注销之后利害关系人的实体性权利的可期待性则受到减损。
如果工商行政部门在不知情的情况之下，将已经被立案侦查或被起诉且意欲逃避债务或从事违法犯罪活动的企业注销，那么法院的审判执行工作则会陷入困境，尤其是当被执行的对象灭失之后，执行法官就必须追加或变更被执行人，追加或变更之后执行风险就会上升，执行不到的可能性则陡然增大。如果被注销企业涉嫌单位犯罪或者是犯罪工具，工商行政部门不知情的注销则会造成证据搜集造成困难，甚至造成关键性证据的灭失，同时也增加了司法成本。通过注销企业来逃避债务以及其他法律责任的现象由来已久，企业简易注销试点改革虽然也认识到此问题，但是并未给出明确具体的预防举措，因为企业是否有债务等纠纷、是否从事违法犯罪活动，工商行政部门通过申请注销企业的一面之词无从判断，让其自证清白也毫无客观性可言。
