(一)简易注销改革，的确起到了简化程序的作用，但客观上却突破了法律的规定，比如遗失执照由登记机关作为无法缴回情形公告作废、解散后无需在报纸上公告、无需清算报告等，有可能给工商部门的工作带来隐患。 “一旦利害关系人提起行政诉讼，法院如果对我们实行简易注销程序的做法不认可，将可能会以工商机关违反法律规定为由判决工商机关败诉，并要求工商机关承担国家赔偿责任”。
(二)适用注销登记简易程序迫切需要相关部门的支持和配合。“用了注销登记简易程序，如有利害关系人以利益受损为由投诉到纪委、信访等部门，工商部门将难以对适用简易注销登记程序作出合法的解释。纪委等相关部门在调查情况时可能会认为地方工商机关擅自决策违规出台注销登记简易程序规定，从而追究工商部门的责任和直接责任人的责任。” 此外，实施简易注销后，税务部门若不理解，也可能会认为工商部门有帮助企业逃废税收之嫌;还有与人社部门社会保险的衔接问题等……
(三)率先试点“三证合一”后，一些企业领证后去银行开户，却遇到了难题：银行系统不认可这样“三个号在一起”的新证件，企业无奈，只能再重办三张老证照，让改革的效果大打折扣。改革大潮中，但愿这样的波折能够少些、更少些。
