公司注销需要补交的税务有：房屋租赁税、实收资本印花税、账本印花税以及各类欠税和罚款。如果是一般纳税人的公司，注销时应当将公司的已经抵扣增值税的资产补缴增值税，股东权益的部分应当缴纳所得税，具体数额按照税务局核定的缴纳。
房屋租赁税补交
房屋租凭税本来是由注册公司地址的房东每月向街道缴交的，所以在注销公司是最好询问房东，看其是否交过房屋租赁税，如果没有就必须到地税补交齐（自开租到终止期间）按租金的12%缴税。
实收资本印花税
公司注销时根据相关规定，及时注册资本未到位也是需要补交印花税的
账本印花税
印花税税目中的营业账簿归属于财务账簿，是按照财务会计制度的要求设置的，反映生产经营活动的账册。
各类欠税和罚款
如果不补交各类欠税和罚款是不能直接注销的。根据《中华人民共和国公司法》规定，注销公司依法依照：“依法成立清算组——公告并通知债权人申报债权，依法对债权进行登记——清算组接管公司，展开清算工作——清算组全面清理公司财产、编制资产负债表和财产清单——制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认——根据股东会、股东大会或者人民法院确认的清算方案分配公司财产——制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认后，申请注销公司登记”这些步骤才能够办理注销登记。
公司注销前必须经过税务检查，检查无问题才能注销税务登记，如果要补交税，肯定是税务检查有问题，所以，首先要看是公司什么问题，是否存在税务机关认定的未交税行为；没问题的企业注销税务机关是不会收取费用的。
