机构职能： 负责文电、会务、督查、信息、宣传、机要、保密、档案、信访、值班、安全等局机关日常运转工作。承担政府信息和政务公开、新闻发布、信息化、综合性文稿起草等工作。负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理、社会保障、财务、国有资产管理等工作。负责局机关和直属单位离退休人员的管理服务工作。负责局机关和直属单位党的建设、精神文明建设、干部培训、干部队伍建设等工作。受理有关举报事项。负责处理市委审计办日常事务。

2、法规科（挂审理科牌子）
负责人： 葛龙
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 审理审核有关审计业务事项。拟定年度审计项目计划，组织实施审计统计工作。承担局机关规范性文件的合法性审查工作。组织对局机关审计业务质量的监督检查和优秀审计项目评选工作。督促被审计单位和其他有关单位根据审计结果进行整改，落实审计结论，执行审计决定。办理审计移送和申请法院强制执行事项。承担行政复议、行政应诉等有关工作。组织实施审计普法教育。组织协调对社会审计机构出具的相关审计报告的核查工作。推动建立健全内部审计制度，指导和监督内部审计工作。负责推进审计职能转变，组织编制权责清单，深化简政放权，加强事中事后监管，优化权力运行流程，推进政务服务标准化。
3、固定资产投资审计科
负责人： 徐向阳
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 负责审计区投资和以区投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的重大公共工程项目。开展专项审计和审计调查。
4、农业农村审计科
负责人： 田同飞
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 组织审计有关农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。开展专项审计和审计调查。
5、经贸审计科
负责人： 林建华
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 负责组织审计蓬莱区属国有企业的资产、负债和损益以及财务收支。负责重大项目的审计监督。开展专项审计和审计调查。
6、自然资源和生态环境审计科
负责人： 姚元
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 负责组织开展领导干部自然资源离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。开展专项审计和审计调查。
7、行政事业审计科
负责人： 陈志清
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 负责审计使用区级财政资金的事业单位和社会团体的财务收支。负责审计区政府管理、政府部门管理或其他受区政府委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。负责审计区直有关部门单位、镇（街）管理的教科文卫专项资金。开展专项审计和审计调查。
8、财政审计科
负责人： 李国卿
办公电话： 0535-5642471
机构职能： 负责组织审计国家有关重大政策措施、各级有关重要工作部署贯彻落实情况。组织审计区级财政预算执行情况和其他财政收支，区级决算草案，镇（街）政府预算执行情况、决算和其他财政收支，区级财政转移支付资金。起草年度区级预算执行和其他财政收支情况审计报告。起草年度区级预算执行和其他财政收支情况的审计结果报告、审计工作报告。按照规定组织税收征管等审计。开展专项审计和审计调查。
9、烟台市蓬莱区政府投资审计服务中心
办公电话：0535-5642471
机构职能： （一）为政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况、结算审计工作提供有关技术支持服务。（二）为政府交办的项目拆迁及资产评估进行跟踪审计。（三）完成区审计局交办的其他任务。